La culture microbienne correspond à la première technique de laboratoire utilisée pour favoriser le développement de micro-organismes dans un environnement contrôlé grâce à différentes méthodes de cultures de cellules souches bactériennes.
Ces diverses cultures permettent en effet l’étude de micro-organismes spécifiques comme l’effectue l’IHU Marseille « Méditerranée infection », afin de prévenir, gérer et mieux comprendre les maladies infectieuses qu’ils causent.
Elles permettent également de mieux surveiller les épidémies, et d’élaborer des diagnostics et des soins adaptés pour chaque potentielle épidémie.

Techniques d’analyses de la culture de micro-organismes

Les techniques de culture microbienne sont nombreuses et se diversifient en fonction de la typologie de prélèvement (sécrétions ou organes), des objectifs d’études (identification, dénombrement ou antibiogramme), du degré de précision de l’étude (cas de micro-organismes pathogènes), et du matériel et temps donnés au chercheur :

La métagénomique

Comme la culture des micro-organismes est une technique longue, laborieuse et onéreuse, les microbiologistes l’ont progressivement délaissé au début du 21ème siècle, pour se focaliser sur le développement de la métagénomique, une technique d’analyse moléculaire.
Cette méthode consiste en effet à mesurer le nombre de gènes (ADN) des souches bactériennes pour pouvoir déterminer le « microbiote humain » dans un environnement spécifique tel que le microbiote digestif.
Elle permet ainsi aux chercheurs d’étudier les microbiotes humains très rapidement, et ce, sans nécessité de financement coûteux ; tout en récoltant des éléments scientifiques qui donnent une meilleure compréhension du fonctionnement du microbiote.

Cependant, les recherches ont démontré que cette technique métagénomique ne fournit que des données partielles du microbiote d’étude, et que les résultats observés ne sont pas toujours reproductibles.

C’est donc pour cela que le Professeur [Didier Raoult] de l’Institut Hospitalier Universitaire de Marseille a mis en place une nouvelle technique d’étude des microbiotes humains nommée « Microbial culturomics », basée sur la méthode d’identification bactérienne par spectrométrie de masse.

Microbial culturomics

Cette technique constitue une méthode de référencement pour identifier les bactéries dans les instituts de microbiologie. Elle est fondée sur la prolifération des conditions de culture de souches bactériennes, par altération de la constitution du centre de culture, du climat d’incubation ou encore du pH de la zone de culture, couplé à un recensement rapide des bactéries, qui ont poussées par spectrométrie de masse.

Découverte de nouvelles espèces bactériennes

La technique « Microbial culturomics » a analysé près 1 000 échantillons de microbes qui proviennent du système de digestion humain tels que l’estomac, les selles, l’intestin grêle et le colon.
Cela a permis à l’équipe du Professeur Raoult de cultiver 1 170 bactéries d’espèces différentes, et de référencer 247 nouvelles espèces de bactéries.
Les chercheurs ont aussi pu identifier 269 bactéries présentes que dans notre environnement naturel, et qui ont réussi à être différenciées pour la première fois dans le tube digestif humain.

En conséquence, la nouvelle technique « Microbial culturomics » de l’[IHU Marseille] « Méditerranée infection » a permis de se rendre compte qu’il existe plus de bactéries dans le microbiote digestif humain que nous le pensions. Cette quantité est en effet double, et s’ajoute aux 250 bactéries initialement connues.
Ces découvertes, publiées dans la revue scientifique « Nature Microbiology », ouvrent ainsi de nouvelles perspectives sur le nombre « réel » de bactéries dénombrées dans le microbiote intestinal, et permettent, en plus, de compléter l’étude des 14 000 espèces de souches bactériennes déjà cultivées jusqu’à présent.

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